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Le site est mentionné pour la première fois en 1020 et appartient avec Ausone, Berga, Aguilar, Peyrepertuse et quelques autres à Bernard Ier Taillefer, comte de Besalu. Vers 1066, la place semble inféodée aux vicomtes de Narbonne suite à un arrangement matrimonial. Avec la mort de Bernard III de Besalu sans héritier en 1111, les dépendances de sa maison passent à la famille de Barcelone. Lorsque le comte de Barcelone Alphonse II ceint en 1162 la couronne d’Aragon sur son front, les places de Quéribus et Peyrepertuse plus quelques autres constituent un glacis protecteur en arrière de Carcassonne, non loin de la frontière nord de ses immenses états.
Mais dans ces régions méridionales se développe dès les premières décennies du XIIe siècle une interprétation différente du dogme catholique, communément désignée sous le nom d’hérésie cathare. L’Eglise romaine voit bien vite dans cette idéologie une menace susceptible de saper les bases de sa propre doctrine. Dans la seconde moitié du XIIe siècle, les Cathares s’organisent, instituent leur propre clergé et défient ouvertement l’autorité du pape. Le meutre du légat pontifical Pierre de Castelnau en 1208 met le feu au poudre et déclenche une violente riposte de la part des chevaliers du nord emmenés par Simon de Montfort. Durant plus de dix ans, le Languedoc et les régions périphériques connaissent les affres d’une guerre atroce et sans merci.
Les seigneurs occitans ne sont certes pas tous convertis au catharisme, mais ils protègent néanmoins pour la plupart les disciples de cette nouvelle religion. Toutes les places des Corbières et plus généralement celles des contreforts pyrénéens se retrouvent donc en première ligne. Aguilar, Peyrepertuse, Termes, Puylaurens, Quéribus, Roquefixade, Montségur et tant d’autres, servent d’abri aux Parfaits et à leurs disciples. Nous ne possédons malheureusement que fort peu de documentation sur leur rôle exact durant la Croisade albigeoise.
Il semble que Quéribus face l’objet d’un siège vain mené par les troupes royales de Louis VIII en 1225-1226. Durant une trentaine d’année, le château sert de refuge aux derniers Cathares. Il résiste encore plus de dix ans après le bucher de Montsegur (1244) et son gardien, Chabert de Barbera, ne se rend aux français du nord qu’en 1255. Le catharisme a vécu et l’Eglise de Rome est parvenue à extirper l’hérésie au prix de dizaines de milliers de vies.
Les places des Corbières deviennent alors citadelles royales. Quéribus, comme ses voisines de Peyrepertuse, Puylaurens ou Montsegur, fait l’objet d’importants réaménagements et est pourvue d’une garnison. Elle fait partie de la ligne de défense française face à l’Aragon. Elle le restera jusqu’en 1659, date du rattachement du Roussillon à la couronne de France.